In den Füllraum des Kessels wird, je nach Modell, 30 bis 100 cm langes Scheitholz auf das mit Anzündholz bereitete Glutbett aufgelegt. Mittels Gebläse werden die Holzgase durch eine Öffnung in den heißen Brennraum befördert. Dort brennen die Holzgase unter geregelter Zufuhr von Sekundärluft bei hohen Temperaturen vollständig aus. Das heiße Rauchgas wird über die Wärmetauscher geführt und gibt dabei seine Wärme in das Heizkreissystem. Anschließend wird es über den Schornstein abgeleitet. Durch technische Innovationen wurden die Umwelteigenschaften in den vergangenen Jahren enorm verbessert. Moderne Kessel erreichen Wirkungsgrade von über 90 % und zeichnen sich durch geringe Kohlenmonoxid- und Staubemissionen aus. Für einen umweltfreundlichen und wirtschaftlichen Betrieb des Scheitholzkessels ist ein ausreichend großer Pufferspeicher vorzusehen, der auch den Bedienungskomfort erhöht. Normalerweise wird ein Kessel ein- bis zweimal täglich befüllt. Nur an sehr kalten Wintertagen wird es nötig, den Kessel mehrmals nachzufüllen. In der Übergangsperiode überbrückt der Speicher mehrere Tage ohne Heizen. Voraussetzung dafür sind ein großes Füllraumvolumen, trockenes Holz und ein Pufferspeicher mit möglichst 100 Liter Volumen je kW Heizleistung.

Gebläsegestützte Kessel eignen sich auch in den Sommermonaten zur Heiz- und Brauchwassererwärmung. Eine bequeme Lösung zur Brauchwassererwärmung und Heizungsunterstützung kann durch die Kombination mit einer Solaranlage geschaffen werden.

Die Lagerung findet sowohl im Freien als auch unter Dach statt. Eine Lagerung auf Freiflächen ist in der Praxis vor allem bei unaufbereitetem oder teilaufbereitetem Holz weit verbreitet. Dabei sollte sichergestellt werden, dass eine Sekundärverschmutzung minimiert wird. Gleiches gilt auch für den Schutz vor Bodenfeuchtigkeit. Als Untergrund eignen sich Holzplanken, Paletten oder trockener Kiesboden. Für den Umschlag mit Hilfe von Ladefahrzeugen (z. B. Frontlader, Radlader) ist meist zusätzlich eine belastbare Bodenplatte (Beton, Asphalt, Verbundsteinpflaster) erforderlich.

Alternativ können hierfür auch Holzkonstruktionen in Frage kommen wie zum Beispiel in halboffenen Gebäuden mit Lagerböden aus hohl liegenden Rundhölzern. Ofenfertig aufbereitetes Brennholz sollte im Freien nicht ohne Regenschutz lagern, damit es für die Verbrennung ausreichend trocken ist. Es muss ein Wassergehalt von unter 25 % erreicht werden. Hierfür ist eine Wiederbefeuchtung in jedem Fall durch eine mobile Abdeckung (z. B. Plane) oder durch eine feste Überdachung (z. B. verlängerte Dachtraufe) zu verhindern. Dabei ist darauf zu achten, dass ein natürlicher Luftzutritt zum Holzstoß von allen Seiten her möglich ist, damit die im Lager entstehende feuchte Luft abgeführt werden kann. Für eine qualitätsgünstige Lagerung sind folgende Bedingungen zu beachten:

• Holzstapel regengeschützt abdecken,
• trockenen Untergrund schaffen, möglichst mit Luftzutritt (Rundholz, Paletten etc.),
• als Lagerort möglichst windexponierte Fläche wählen (z. B. Lagerung am Waldrand anstatt im Wald),
• Abstand zu Gebäudewänden oder zwischen den Holzstapeln mindestens ca. 10 cm - an Gebäudewänden sonnenzugewandte Seite bevorzugen,
• falls möglich Tagesverbrauch an Brennstoff in beheizten Räumen (z. B. im Aufstellraum der Feuerung) bevorraten (Brennstoffvorwärmung!),
• bei Lagerung in Gebäuden ohne besondere Feuerschutzeinrichtungen ist die maximal zulässige Brennstoffmenge zu beachten, d. h. maximal 15 t Holzbrennstoff (entspricht 34 Raummeter (Rm) Buchenscheitholz bzw. 49 Rm Fichtenscheitholz, jeweils lufttrocken, 33 cm Scheite, geschichtet).

Als Regenschutz-Abdeckung kommen verschiedene Materialien in Frage, hierzu zählen z. B. Dachpappen, Kunststoffplanen oder Eindeckmaterialien aus Profilblech. Zur Vermeidung von Windangriff muss die Abdeckung befestigt bzw. beschwert werden. Bei dünnen Kunststoffplanen wird die Abdeckung sinnvollerweise haubenartig ausgeführt, indem die Plane an den Kanten des Stapels nach unten um ca. 20 bis 30 cm abknickt, damit sie mit einer Holzlatte festgenagelt werden kann. Die Seiten des Stapels müssen dabei aber weitgehend offen bleiben, um die Durchlüftung nicht zu behindern.